Международные связи института традиционно обширны и многообразны. Полевые и лабораторные исследования велись и ведутся совместно с научными центрами Англии, Франции, Бельгии, Швейцарии, Германии, Черногории, Венгрии, Финляндии, Ирана, Китая, Монголии, Республики Кореи, Японии, Вьетнама, США, Канады и других стран. Последнее два десятилетия стали временем расцвета международного научного сотрудничества и органичного вхождения института в мировое научное сообщество. Широкую известность получили российско-японская программа «Пазырык», двухсторонние проекты с археологами Узбекистана, Таджикистана, Черногории, Вьетнама по изучению каменного века этих стран, работы Российско-монгольско-американской археологической экспедиции по изучению памятников каменного века и наскального искусства, российско-германская программа исследований разновременных памятников на юге Западной Сибири, совместные с учеными Республики Кореи проекты по изучению неолита Приамурья, Российско-германско-монгольская экспедиция по изучению погребальных комплексов пазырыкской культуры с мерзлотой в юго-западной части Алтая.
Институт археологии и этнографии СО РАН сотрудничает с научно-исследовательскими организациями целого ряда стран в рамках различных проектов и договоров о научном сотрудничестве:
Университет имени Лоранда Этвёша (Венгрия)
Институт археологии Вьетнамской Академии общественных наук (Вьетнам)
Вьетнамский национальный музей природы ВАН (Вьетнам)
Институт до- и протоисторической археологии Кильского ун-та им. Кр. Альбрехта (Венгрия)
Евразийский отдел Германского археологичсекого института (Германия)
Институт эволюционной антропологии общества Макса Планка (Германия)
Итальянская ассоциация этноархеологии (Италия)
Управление культуры, развития языков и архивного дела Мангустанской области (Казахстан)
Евразийский национальный университет им. Л.Н. Гумилева (Казахстан)
Национальный музей Республики Казахстан (Казахстан)
Международный казахско-турецкий университет имени Ходжи Ахмеда Ясави (Казахстан)
Институт изучения Тибетского плато (Китай)
Управление культурного наследия респ. Корея (респ. Корея)
Национальная академия Манас имени Чингиза Айтматова (Кыргызстан)
Институт истории и археологии Академии наук Монголии (Монголия)
Ховдский государственный университет (Монголия)
Институт Геологических наук Польской Академии Наук (Польша)
Университет Николая Коперника в Торуне (Польша)
Национальный центр археологии Академии наук республики Узбекистан
Международная исследовательская лаборатория ЗооСКАн (ArchaeoZOOlogy in Siberia and Central Asia) (Франция)