Государственная премия РФ в области науки и техники
А.П. Деревянко. За выдающиеся открытия и труды в области изучения древнейшей истории человечества в Евразии и формирования человека современного анатомического типа (2013).
В.И. Молодин, Н.В. Полосьмак. За открытие и исследование уникальных комплексов пазырыкской культуры VI — III веков до нашей эры на территории Горного Алтая (2005).
А.П. Деревянко (в составе авторского коллектива) за цикл работ из серии «Памятники фольклора народов Сибири и Дальнего Востока» (2002).
Большая золотая медаль имени М.В. Ломоносова — высшая награда Российской академии наук
А.П. Деревянко. За выдающийся вклад в разработку новой фундаментальной научной концепции формирования человека современного физического типа и его культуры (2014).
Международная научная премия имени А.И. Карпинского
В.И. Молодин. За цикл работ, посвященных археологии Западной Сибири и палеоэкологии и выдающийся вклад в исследование ранних культур Сибири от палеолита до средневековья (2000).
Общенациональная неправительственная Демидовская премия
А.П. Деревянко. За вклад в развитие гуманитарных наук в России и научные открытия мирового класса в области археологии Евразии (2004).
В.И. Молодин. За достижения в области изучения археологии и первобытной истории народов Сибири (2016)
Премия памяти митрополита Москвоского и Коломенского Макария (Булакова) (Макариевская премия)
Л.Н. Мыльникова, Л.С. Кобелева, М.С. Нестерова. За работу «Опыт мультидисциплинарного исследования памятников и материалов эпохи голоцена Барабинской лесостепи: к 45-летию западносибирского археологического отряда Института археологии и этнографии Сибирского отделения Российской академии наук» (2018).
Е.В. Балков и О.А. Позднякова Авторский коллектив сотрудников Института нефтегазовой геологии и геофизики им. А.А. Трофимука и Института археологии и этнографии Сибирского отделения РАН за цикл работ «Разработка и адаптация геофизических методов исследования для решения археологических задач» (2022)
Российская независимая премия «Триумф-Наука»
А.П. Деревянко. За личный вклад в развитие отечественной науки в номинации «Гуманитарные науки» (2005).
Международная научная премия имени академика В.А. Коптюга
Е.Ф. Фурсова, А.А. Люцидарская (в составе авторского коллектива). За работу «Трансформации белорусской фольклорно-этнографической традиции в Беларуси и в Сибири» (2010).
Премия РАН и НАН Беларуси
Е.Ф. Фурсова, А.А. Люцидарская (в составе авторского коллектива). За монографию «Белорусы в Сибири: сохранение и трансформации этнической культуры» (2012).
Национальная премия в области охраны археологического наследия России «Достояние поколений»
Н.В. Полосьмак. За высокий научный уровень археологических исследований (2006).
А.А. Василевский. За большой вклад в организацию работ по охране объектов археологического наследия (2010).
Премия Отделения историко-филологических наук Российской академии наук им. академика В.П. Алексеева и и академика Т.И. Алексеевой
Т.А. Чикишева. За выдающиеся научные труды в области антропологии и археологии (2006).
М.В. Шуньков. За научный вклад в антропологию и археологию по проблемам междисциплинарных исследований (2019).
Премия имени М.А. Лаврентьева
А.П. Деревянко «За выдающийся вклад в развитие Сибири и Дальнего Востока» (2005).
Поощрительная премия фонда имени М.А. Лаврентьева для молодых ученых
А.Н. Зенин (2005).
Премия имени академика А.П. Окладникова
М.Б. Козликин. За цикл работ «Междисциплинарные исследования палеолитических комплексов Денисовой пещеры на Алтае» (2021).
В.В. Николаев. За цикл работ, включая монографию «Этнодемографическое развитие коренного населения предгорий Северного Алтая (XIX – начало XXI века)» (2012).
Е.В. Самушкина. За цикл работ «Символические и социально-нормативные аспекты современного этнополитического движения. Республика Алтай, Тыва, Хакасия (конец ХХ–начало XXI в.в.)» (2011).
А.И. Кривошапкин. За цикл работ «Археология, палеоэкология и хроностратиграфия раннего верхнего палеолита Центральной Азии» (2002).
Медаль РАН с премией для молодых ученых
В.А. Бурнаков. За монографию «Духи среднего мира в традиционном мировоззрении хакасов» (2007).
Премия имени 50-летия СО РАН
К.А. Колобова. За разработку и применение пионерной методики описания и анализа техник вторичной обработки в средне- и верхнепалеолитических индустриях Центральной Азии (2007).
Государственная премия Новосибирской области
В.И. Молодин, Л.Н. Мыльникова, А.Е. Гришин, О.И. Новикова. За открытие и изучение древнейших культур эпохи бронзы на территории Барабинской лесостепи Новосибирской области (2013).
В.И. Молодин, А.И. Соловьев, Е.А. Соловьева. За значительный вклад в развитие исторического образования, патриотическое воспитание учащихся общеобразовательных школ (2018)